RAPID Desain Obat Baru

on
Farmakofor menurut IUPAC adalah faktor sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan terjadinya interaksi molekuler secara optimal dengan struktur target biologis spesifik sebagai penginduksi atau penghambat respon biologis (Mannhold dkk, 2006).

Model farmakofor menjelaskan bagaimana ligan struktural beragam dapat berikatan dengan situsreseptor umum. Selanjutnya, model farmakofor dapat digunakan untuk mengidentifikasi melalui desain de novo atau ligan novel skrining viritual yang akan mengikat ke reseptor yang sama.

Berikut langkah langkah identifikasi farmakofor
  1. Menentukan gugus molekul yang akan berikatan dengan reseptor 
  2. Menentukan  posisi relatif dari kelompok pengikat obat dengan reseptor
  3. Perlu diketahui konformasi aktif  dari molekul obat.
  4. Penting untuk desain obat  
  5. Penting untuk penemuan obat 

Kimia komputasi bekerja dibidang desain obat berbasis struktur mempertimbangkan baik sifat kimia dan geometris dari molekul berinteraksi ketika mengembangkan obat farmasi baru. Asumsi yang mendasarinya adalah bahwa aktivitas obat,atau kegiatan pharmacophoric,diperoleh melalui pengakuan molekul dan mengikat dari satu moleakul (ligan) (Finn et al,1997).

Rancangan obat adalah usaha untuk mengembangkan obat yang telah ada, yang sudah diketahui struktur molekul dan aktivitas biologisnya, atas dasar penalaran yang sistematik dan rasional, dengan mengurangi faktor coba- coba seminimal mungkin.

PERTANYAAN 
 1. Apa kegunaan menentukan farmakofor suatu obat.?
 2. Apakah setiap farmakofor mempunyai potensi yang baik untuk obat baru?
DAFTAR PUSTAKA
Fiinn,P.W.,Kavraki,L.E.,Latombe,J.C dan Motwan,R.1997.RAPID Randomized pharmacophore Identification for Drug Design.

Mannhold, R., H. Kubinyi, G. Folkers,2006, Pharmacophore and Pharmacophore Searches, Wiley – VCH, Weinheim, 3

Comments

  1. Irma suryaniNovember 23, 2018 at 1:23 AM

    Assalammu'alaikum nesti,,
    Saya akan mencoba menjawab pertanyaan nmor 1
    Yaitu
    Salah satu kegunaan nya memudahkan menentukan senyawa baru,dimana farmakofor suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yg mengisi geometri dari site reseptor


    ReplyDelete
  2. kurnia ayasaNovember 23, 2018 at 3:36 AM

    Hai Nura...
    Terimakasih yaa atas pemaparannya,, saya coba bantu jawab untuk soal no.1 farmakofor sangat berguna dalam mendesain atau merancang obat baru, karna dengan farmakofor dapat diidentifikasi suatu senyawa yang memiliki efek farmakologis, dengan farmakofor juga bisa memodifikasi senyawa yang sudah ada untuk meminimalisasikan efek samping yang ada.

    ReplyDelete
  3. silviakhairinaNovember 23, 2018 at 3:39 AM

    Assalamualaikum wr wb
    Saya akan menjawab no 2
    Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yg baik untk obat baru,trgantung juga dari analog dari farmakofor trsbut. Tujuan nya itu juga kan mengurangi toksik dari obat efek smping dan mningkatkan efektivitas dri obat trsbut

    ReplyDelete
    Replies
    1. DuniakuNovember 25, 2018 at 10:49 PM

      Pemaparannya bgus,cuma klw kita sudah mengetahui kegunaan dr senyawa obat tersebut bagaimana kak?

      Delete
  4. Bella PascilaNovember 23, 2018 at 5:21 AM

    Terimakasih sdh menulis, dsni saya akan mncoba mnjwab pertanyaan nmr 2
    mnrt saya tentu bnyk skli kegunaan farmakofor dlm suatu obat
    salah satunya mmpermudah utk menentukan atau memodifikasi suatu senyawa obat, jadi pharmacophore merupakan suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus-gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yang mengisi geometri dari site reseptor.

    ReplyDelete
  5. caca arzNovember 23, 2018 at 5:41 AM

    Hi Nura, menurut saya jawabannya relatif tetapi menurut literatur yang saya baca Pendekatan farmakofor telah menjadi salah satu alat utama dalam penemuan obat. Berbagai metode berbasis ligan dan berbasis struktur telah dikembangkan untuk permodelan farmakofor yang lebih baik dan telah berhasil dan diterapkan luas. Fitur pendekatan farmakofor ini diharapkan dapat memperkecil waktu dan biaya dalam penemuan dan perkembangan obat baru

    ReplyDelete
  6. KharinafarmNovember 23, 2018 at 6:03 AM

    Hai Nura, tulisannya sangat bermanfaat. Kharin coba jawab pertanyaan no 1 ya. Kharina setuju dengan Kurnia ayasa. Dengan mengidentifikasi pharmachopor kita bisa memodifikasi molekul suatu obat. Sehingga memungkinkan penemuan obat baru dengan efikasi farmakologis yang lebih baik dan efek samping yang lebih sedikit.

    ReplyDelete
    Replies
    1. RolyNovember 23, 2018 at 3:21 PM

      Haaiii nura kk akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1 yaitu
      Salah satu kegunaan nya memudahkan menentukan senyawa baru,dimana farmakofor suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yg mengisi geometri dari site reseptor

      Delete
  7. AnonymousNovember 23, 2018 at 5:34 PM

    Menurut saya..
    Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yg baik untk obat baru,trgantung juga dari analog dari farmakofor trsbut. Tujuan nya itu juga kan mengurangi toksik dari obat efek smping dan mningkatkan efektivitas dri obat trsbut

    ReplyDelete
  8. UnknownNovember 23, 2018 at 7:54 PM

    Assalaamu'alaikum

    Jawaban
    2. Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yang baik untuk obat baru,hal ini tergantung juga dari analog dari farmakofor tersebut. Tujuannya itu juga untuk mengurangi toksik dari obat efek samping dan meningkatkan efektivitas dari obat tersebut.

    ReplyDelete
    Replies
    1. Nura sela maryaniDecember 1, 2018 at 2:51 AM

      Terima kasih jawaban tetapi mohon maaf sepengetahuan saya farmakofor itu tidak sepenuh ny bisa mngurangi efek samping dri suatu obat

      Delete
  9. UnknownNovember 23, 2018 at 11:23 PM

    Assalamualaikum nur asela.
    Disini saya akan menjawab soal no 1.
    Menurut saya manfaat atau kegunaaan farmakofor adalah memudahkan dalam menentukan senyawa baru selain itu juga berguna mendesain atau merancang obat baru. Terima kasih

    ReplyDelete
  10. Dyah Puspita NingrumNovember 23, 2018 at 11:54 PM

    Assalamualaikum Hay nura
    Saya coba jawab pertanyaannya yaaa
    Nomor 1
    kegunaan farmakofor dalam suatu obat
    salah satunya mempermudah untuk menentukan atau memodifikasi suatu senyawa baru.
    Nomor 2
    menurut saya, setiap farmakofor tentunya memiliki potensi yang baik untuk obat baru tergantung terhadap analog dari farmakofor tersebut. disini desaign obat baru untuk mencari analog yang sesuai dengan farmakofor agar meningkatkan keefektivan dari zat aktif dan meminimalisirkan efek sampingnya.

    ReplyDelete
    Replies
    1. Nura sela maryaniDecember 1, 2018 at 2:54 AM

      Terima kasih telah membantu saya sependapat jg dg papaaran anda

      Delete
  11. Yesi NursofiaNovember 24, 2018 at 1:10 AM

    Selamat sore. Saya ingin menambahkan. Selain itu fungsi dari farmakofor adalah :
    - mengetahui gugus penting yang berikatan dengan reseptor
    - mengetahui posisi 3 dimensi dari suatu molekul
    - mengetahui konformasi aktif/yang diinginkan
    - untuk merancang/design obat
    - untuk menemukan suatu obat baru
    Semoga bis membantu.
    Terima kasih

    ReplyDelete
  12. Hefiza HanitaNovember 24, 2018 at 2:42 AM

    Hy nurasela, apakah keunggulan farmakofor?

    ReplyDelete
  13. Nura sela maryaniNovember 24, 2018 at 2:52 AM

    Hay juga fiza,terima kasih udah maampir
    Saya coba jawab,untuk kelebihan farmakofor ini adalah untuk menghemat biaya penelitian dan waktu yang digunakan dalam meneliti ata mendesaign obat baru, sedangkan kekurangannya tidak mudah untuk mencari analog yang sesuai dengan farmakofor bisa saja analog yang sesuai dengan farmakofor dapat menimbulkan efek toksisitas yang lebih besar
    Kalo ada tambahan silahkan iya

    ReplyDelete
  14. MegaNovember 24, 2018 at 3:52 AM

    Hai nura, pemaparan materi yg baik, dan kalau boleh saya bertanya, apakah bisa menentukan golongan obat berdasarkan farmakofor ny ? jika bisa gimana caranya?
    Terimakasih.,

    ReplyDelete
    Replies
    1. UnknownNovember 24, 2018 at 4:05 AM

      Saya akan coba jawab pertanyaan mega.. bisa, hal tsb disebut modifikasi obat lama. caranya adalah dengan salah satunya menggunalan Computer-aided drug discovery (CADD)

      Delete
    2. Widya HerruNovember 24, 2018 at 4:19 AM

      lalu, apakah yang dimaksud dengan Computer-aided drug discovery (CADD) tersebut?

      Delete
    3. Lea PusvitaNovember 24, 2018 at 4:59 AM


      saya mau mencoba menjawab pertnyaan dari widya (Computer-aided drug discovery; CADD)
      Dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi yang memadai ditangan ahli kimia komputasi medisinal yang berpengalaman dapat menayangkan senyawa A secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi, misal senyawa B. Berdasarkan komparasi 3D dilengkapi dengan perhitungan similaritas dan energi, memberikan gambaran bagian-bagian dan gugus-gugus potensial yang dapat dikembangkan dari senyawa A (pharmacophore query). Kemudian berbagai senyawa turunan dan analog disintesis secara in silico alias digambar sesuai persyaratan aplikasi komputer yang digunakan (Untuk selanjutnya disebut senyawa hipotetik).

      Delete
  15. Aikurniati59@gmaol.comNovember 24, 2018 at 4:03 AM

    Hai nira saya coba bantu jawab no 2
    Farmakofor menurut saya penting dimana farmokor dapat dengan mudah mengidentifikasi senyawa baru yang akan berikatan dg reseptor.dimana farmakofor dg metode rapid akan mempermudah menemukan design untuk obat baru

    ReplyDelete
  16. Aikurniati59@gmaol.comNovember 24, 2018 at 4:04 AM

    Hai nira saya coba bantu jawab no 2
    Farmakofor menurut saya penting dimana farmokor dapat dengan mudah mengidentifikasi senyawa baru yang akan berikatan dg reseptor.dimana farmakofor dg metode rapid akan mempermudah menemukan design untuk obat baru

    ReplyDelete
  17. Aikurniati59@gmaol.comNovember 24, 2018 at 4:05 AM

    Hai nira saya coba bantu jawab no 2
    Farmakofor menurut saya penting dimana farmokor dapat dengan mudah mengidentifikasi senyawa baru yang akan berikatan dg reseptor.dimana farmakofor dg metode rapid akan mempermudah menemukan design untuk obat baru

    ReplyDelete
  18. Audia RenopaNovember 24, 2018 at 6:05 AM

    hy nura, saya audia akan mencoba menjawab pertanyaan no 2, dimana setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yang baik untuk obat baru namun tergantung dari analog dari farmakofor tersebut. yujuannya untuk mengurangi toksik dari obat, efek samping dan efektivitas obat. semoga bermanfaat :)

    ReplyDelete
  19. dianlestariNovember 24, 2018 at 7:09 AM

    Assalamualaikum hay nesti pemaparan materinya sngat bgus sekli,,disini saya akan mncoba menjwb prtnyaan nmr 2 :
    farmakofor tentunya memiliki potensi yang baik untuk obat baru tergantung terhadap analog dari farmakofor tersebut. disini desaign obat baru untuk mencari analog yang sesuai dengan farmakofor agar meningkatkan keefektivan dari zat aktif dan meminimalisirkan efek sampingnya.farmakofor tentunya memiliki potensi yang baik untuk obat baru tergantung terhadap analog dari farmakofor tersebut. disini desaign obat baru untuk mencari analog yang sesuai dengan farmakofor agar meningkatkan keefektivan dari zat aktif dan meminimalisirkan efek sampingnya.

    ReplyDelete
  20. berniketariganNovember 24, 2018 at 3:50 PM

    hay nura sela.. saya ingin bertanya. apakah farmakopor ini memiliki kekurangan selain kelebihan yang ttelah anda paparkan? terima kasih,

    ReplyDelete
    Replies
    1. Nura sela maryaniNovember 24, 2018 at 7:24 PM

      Terima kasih bernike,pasti ada kekurangan nya ya, salah satu nya tidak mudah untuk mencari analog yang sesuai dengan farmakofor bisa saja analog yang sesuai dengan farmakofor dapat menimbulkan efek toksisitas yang lebih besar

      Delete
  21. DaryatiNovember 24, 2018 at 7:30 PM

    Assalamualaikum hay nesti pemaparan materinya sngat bgus sekli,,disini saya akan mncoba menjwb prtnyaan nmr 1
    Salah satu kegunaan nya memudahkan menentukan senyawa baru,dimana farmakofor suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yg mengisi geometri dari site reseptor

    ReplyDelete
  22. Nura sela maryaniNovember 24, 2018 at 7:51 PM

    Waalaikumslam terima kasih atas jawaban nya

    ReplyDelete
  23. Eugenia GriseltaNovember 24, 2018 at 8:24 PM

    Assalamualaikum nesti
    Penjelasannya sangat membantu
    Terimakasih :)

    ReplyDelete
  24. UnknownNovember 24, 2018 at 8:26 PM

    Assalamualaikum, materinya bagus. Tpi disini sedikit saya menyarankan utk materinya kalau bisa ditambahkan beberapa dari jurnal terbaru untuk materi terupdate dan lebih baik Lg jika disertakan contoh aplikasi dari farmakofor ini.
    Terimakasih :)

    ReplyDelete
    Replies
    1. Nura sela maryaniNovember 24, 2018 at 9:13 PM

      Terima ksih saran nya sngat membantu,untuk kedpan ny bisa di ushakn mnmbahkan jurnal trupdate ny

      Delete
  25. kunyikNovember 24, 2018 at 8:44 PM

    Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yg baik untk obat baru,trgantung juga dari analog dari farmakofor trsbut. Tujuan nya itu juga kan mengurangi toksik dari obat efek smping dan mningkatkan efektivitas dri obat trsbut

    ReplyDelete
  26. Andi saputraNovember 24, 2018 at 8:51 PM

    1. Apa kegunaan menentukan farmakofor suatu obat.?
    Kegunaan menentukan farmakofor suatu obat yaitu untuk mengetahui bagian dari struktur obat yang aktif, menentukan efek dari suatu obat, dan untuk memudahkan dalam membuat desaain obat baru.

    Insyaallah....

    ReplyDelete
  27. Fitriatul HusnaNovember 24, 2018 at 9:05 PM

    Hai nesti saya akan mencoba untuk menjawab

    1.Salah satu kegunaan nya memudahkan menentukan senyawa baru,dimana farmakofor suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yg mengisi geometri dari site reseptor
    2.Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yg baik untk obat baru,trgantung juga dari analog dari farmakofor trsbut. Tujuan nya itu juga kan mengurangi toksik dari obat efek smping dan mningkatkan efektivitas dri obat trsbut

    ReplyDelete
  28. Yustika TrisnaNovember 25, 2018 at 1:41 AM

    Hallo Nesti.
    Saya akan menjawab pertanyaan no 1.
    Kegunaan menetukan farmakopor suatu obat salah satunya yaitu mempermudah utk menentukan atau memodifikasi suatu senyawa baru yang nanti akan mepermudah dalam pembuatan obat yg lebih baru dan termodifikasi.

    ReplyDelete
  29. Fisika UnjaNovember 25, 2018 at 3:45 AM

    This comment has been removed by the author.

    ReplyDelete
  30. Fisika UnjaNovember 25, 2018 at 3:47 AM

    Saya akan menjawab pertanyaan no 2.
    Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yg baik untk obat baru,trgantung juga dari analog dari farmakofor trsbut. Tujuan nya itu juga kan mengurangi toksik dari obat efek smping dan mningkatkan efektivitas dri obat trsbut

    ReplyDelete
  31. UnknownNovember 25, 2018 at 4:25 AM

    Assalamu'alaikum, bantu jawab no 2.
    Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yg baik untk obat baru,trgantung juga dari analog dari farmakofor trsbut. Tujuan nya itu juga kan mengurangi toksik dari obat efek smping dan mningkatkan efektivitas dri obat trsbut

    ReplyDelete
  32. UnknownNovember 26, 2018 at 3:33 AM

    Assalamualikum, salam hormat saya akan coba menjawab no. 1
    Salah satu manfaat/kegunaan nya memudahkan menentukan senyawa baru,dimana farmakofor suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yg mengisi geometri dari site reseptor

    ReplyDelete
  33. cindy kartikaNovember 28, 2018 at 3:36 AM

    hay nesti artikel anda menarik sekali
    saya ingin bertanya, apakah obat dengan mekanisme kerja yang sama memiliki farmakofor yang sama juga?
    terimakasih

    ReplyDelete
    Replies
    1. Nura sela maryaniNovember 30, 2018 at 7:55 PM

      Hay juga cindy terima kasih pertnyaaan ny mnarik
      Begini obat yg memiliki mrkanisme yg sma bisa jadi memiliki farmakofor yg sma jg karna jika farmakofor nya sama ada kemungkinan aktivitas obat yang dimiliki sama tetapi keefektivannya biasanya berbeda
      Semga brmanfaat

      Delete
    2. UnknownNovember 30, 2018 at 8:00 PM

      Saya coba menambahkan berarti dapat disimpulkan identitas farmakofor yang sama akan menghasilkan efek yang sama. Lalu untuk keefektivannya berbeda itu bisa jadi karena gugus lain yang mengikat gugus farmakofor nya itu .
      Benar begitu nurasela

      Delete
    3. Nura sela maryaniDecember 1, 2018 at 2:45 AM

      Iyaa benar yg telah dipaparkan diatas..identifikasi farmokofor yg sma itu jg bisa dilakukan dg struktur yg spesifik

      Delete
  34. auroradwimitraNovember 28, 2018 at 11:03 PM

    Halooo Nurasela , Farmakopor memiliki tujuan yaitu menentukan atau memodifikasi suatu senyawa obat, jadi pharmacophore merupakan suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus-gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yang mengisi geometri dari site reseptor.

    ReplyDelete
  35. UnknownNovember 30, 2018 at 10:40 PM

    jdi , bisa dijelaskan lagi sebenarnya apa metode rapid ini? dan apa kelebihannya dibanding metode lain

    ReplyDelete
  36. Nura sela maryaniNovember 30, 2018 at 11:21 PM

    Baik trima kasih,metode rapid itu slah stu metode yg dgunakan dalam identifikasi design obat bru yg bsa mnggunakan CADD
    Nah kalo kelbihan ny itu sndri slah stu ny bsa lbih menghemat waktu dn biaya
    Smga brmanfaat

    ReplyDelete
  37. Putri ZulfaDecember 1, 2018 at 2:33 AM

    Saya akan menjawab nomor 1. Salah satu kegunaan nya memudahkan menentukan senyawa baru,dimana farmakofor suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yg mengisi geometri dari site rese

    ReplyDelete
  38. Anggi SitindaonDecember 1, 2018 at 2:35 AM

    nur asela.
    Disini saya akan menjawab soal no 1.
    Menurut saya manfaat atau kegunaaan farmakofor adalah memudahkan dalam menentukan senyawa baru selain itu juga berguna mendesain atau merancang obat baru. Terima kasih

    ReplyDelete
  39. UnknownDecember 1, 2018 at 4:41 AM

    pertanyaan nmr 2
    mnrt saya tentu bnyk skli kegunaan farmakofor dlm suatu obat
    salah satunya mmpermudah utk menentukan atau memodifikasi suatu senyawa obat, jadi pharmacophore merupakan suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus-gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yang mengisi geometri dari site reseptor.

    ReplyDelete
  40. Aziz_dinataDecember 1, 2018 at 4:49 AM

    Hai nesti saya mau menanyakan apa keuntungan dari identifikasi farmakofor ini?
    Terimakasih

    ReplyDelete
  41. Ervidian NurfadillahDecember 1, 2018 at 5:25 AM

    Artikelnya bagus jugaa, kalo bisa boleh jelasin kelebihan metode rapid ngga?
    Makasih yaa

    ReplyDelete
  42. Ovi ameliaDecember 1, 2018 at 5:51 AM

    hy nura, saya audia akan mencoba menjawab pertanyaan no 2, dimana setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yang baik untuk obat baru namun tergantung dari analog dari farmakofor tersebut. yujuannya untuk mengurangi toksik dari obat, efek samping dan efektivitas obat. semoga bermanfaat :)

    ReplyDelete
  43. UnknownDecember 1, 2018 at 6:05 AM

    Pemaparan nya udh bagus
    Tp akan lbih bgus jika ditmbah kn referensi jurnal terupdate dri mteri trsbut

    ReplyDelete
  44. HALIMAH TUSSAKDIAHDecember 1, 2018 at 6:25 AM

    Setiap farmakofor itu pasti memiliki potensi yg baik untk obat baru,trgantung juga dari analog dari farmakofor trsbut. Tujuan nya itu juga kan mengurangi toksik dari obat efek smping dan mningkatkan efektivitas dri obat trsbut

    ReplyDelete
  45. Rizka HertianDecember 1, 2018 at 5:07 PM

    Jadi ap keunggulan dari metodee rapid dan apa kekurangab dr metode rapid ini ?? :)

    ReplyDelete

Post a Comment